L’origine della Chiesa di San Giovanni o del Purgatorio è antecedente al 1101, quando il conte Ruggero la comprese nella dotazione del Monastero della SS. Trinità di Mileto. Dalla Bolla di Papa Eugenio III del 1150 sappiamo che la chiesa era già esistente a quel tempo. Nel 1454 Papa Nicolò V riconosce la Congregazione del Purgatorio, che aveva sede nella chiesa e concedeva la fabbricazione della sagrestia. Nel 1606 la chiesa viene assegnata alla Confraternita del Purgatorio che realizza dei lavori di restauro ed ampliamento. Nel 1711 la chiesa fu totalmente ricostruita grazie al sacerdote Raffaele Riccobene, che alla sua morte lasciò una somma per lo scopo.
Nel 1745, la chiesa di San Giovanni fu eletta a parrocchia del quartiere San Francesco dal Vescovo di Agrigento e nel 1806 si procedette ad abbellire l’interno.
Dalla chiesa di San Giovanni dipendevano le chiese di San Biagio, adesso non più esistente, del Signore della Città e di Santa Croce.
La chiesa è a navata unica e si trova vicinissima alla chiesa di San Domenico. Possiede un prospetto con un unico ordine di paraste, coronate da un timpano triangolare. Sul portale centrale si trova un’edicola contenente la statua di San Giacomo, sopra la quale si apre una grande finestra che illumina la navata. Alla sinistra della chiesa si erge la torre campanaria.
Prima della guerra la chiesa possedeva un bozzetto in terracotta raffigurante San Giovanni (oggi esposto al Museo Diocesano) e il Crocifisso dello Staglio, una croce dipinta del tardo medioevo conservata a Santo Spirito.